Etiketler: Pompe, Biyoenformatik, GAA geni, enzim replasman terapisi, GEO verileri, Pompe hastalığı, WNT sinyal yolağı, Bioinformatics, GAA gene, Enzyme replacement therapy, GEO data, Pompe Disease, WNT signaling pathway

İnfantil Pompe hastalarında potansiyel yolakların ve hedef genlerin bilişimsel analiz yardımıyla saptanması

01-01-2022 - Bioimpacts.

İnfantil Pompe hastalarında potansiyel yolakların ve hedef genlerin bilişimsel analiz yardımıyla saptanması

Bioimpacts. 2022;12(2):89-105. doi: 10.34172/bi.2022.23467.

PMID: 35411297

Aynur Karadağ Gürel, Selçuk Gürel

Makalenin Mesajı: Bu çalışmada, Pompe hastalığına ERT yanıtı ile ilişkili önemli genlerin belirlenmesi ve potansiyel moleküler mekanizmaların araştırılması amaçlanmıştır.

Özet

Giriş: Glikojen depo hastalığı tip II olarak da bilinen Pompe hastalığı GAA genindeki patojenik varyasyonlardan kaynaklanmaktadır. Kalpte hipertrofi, solunum yetmezliği ve kas hipotonisiyle karakterize bu hastalık erken dönemde tedavi edilmediğinde erken ölümle sonuçlanmaktadır. Bu hastalıkta tek tedavi seçeneği olan enzim replasman terapisi (ERT) bazı hastalarda prognozu iyileştirmekteyken, kimi hastalarda ise herhangi bir fayda sağlamamaktadır. Bu çalışmada, ERT yanıtı ile ilişkili önemli genlerin belirlenmesi ve potansiyel moleküler mekanizmaların araştırılması amaçlanmıştır.

Yöntemler: Biseps ve kuadriseps kas örneklerini içeren Gene Expression Omnibus (GEO) verileri kullanılmıştır (erişim numarası: GSE38680). Ekspresyon dizilimine ait veriler BRB-Array Tools kullanılarak analiz edilmiştir. Biseps grubunda yer alan hastalarda ERT uygulanmamışken, kuadriseps grubunda yer alan hastalarda 0, 12 ve 52. haftalarda rhGAA ile tedavi uygulanmıştır. Farklı şekilde eksprese olan genlerin (DEG) derinlemesine analizi sırasıyla DAVID, GO, KEGG ve STRING online analizler aracılığıyla gerçekleştirilmiştir.

Bulgular: Biseps grubunda 1727 ve kuadriseps grubunda 1198 gende farklı ekspresyon mevcuttur. 52. haftada ERT tedavisine yanıt kötü olan grupta DEG’lerin daha fazla olduğu görülmüştür. Zayıf yanıt mevcut olan grupta genlerdeki değişim daha sıktır; 0 ila 12. haftalar arasında 530 genin ekspresyonu artmış ve 1245 genin ekspresyonu azalmıştır. GO analizine göre DEG’lerin ilişkili olduğu başlıca hususlar vasküler düz kas kontraksiyonu, lizozomlar, otofaji, aktin hücre iskeletinin regülasyonu, inflamatuar yanıt ve WNT sinyal yolağıdır. Ayrıca, WNT sinyal yolağı ile DEG’ler arasında yüksek düzeyde bir korelasyon mevcut olduğu da saptanmıştır. WNT11, WNT5A, CTNNB1, M6PR, MYL12A, VCL, TLN, FYN, YES1 ve BCL2 gibi çeşitli DEG’ler ERT yanıtının kötü olmasının altında yatan mekanizmaların anlaşılmasında önem arz edebilir.

Sonuç: Pompe hastalığında erken tanı ve tedavi hastalığın kliniğinde büyük öneme sahiptir. Sonuç olarak, gerçekleştirilen analiz neticesinde saptanan artmış genler ve yeni yolaklar tedavi yanıtının kötü olduğu grupta tedavi sonucuna ilişkin altta yatan hususların aydınlatılmasında faydalı olabilir. Neonatal taramayla saptanan genler ve yolaklar tanı ve tedavi noktasında yol gösterici olacaktır.

Anahtar kelimeler: Biyoenformatik, GAA geni, enzim replasman terapisi, GEO verileri, Pompe hastalığı, WNT sinyal yolağı

Haberler Ve Etkinlikler


RAREsummit 2021

Gene2info 23 nadir hastalık için genetik tanı hizmeti sunuyor.

Gene2info, genetik testler yoluyla nadir hastalıkların hızlı tanısı için uçtan uca hizmet çözümü sunuyor. Çözüm biyolojik örneğin transferinden genetik analiz raporunun üretilmesine kadar tüm aşamaları kapsıyor. Ayrıntılı bilgi için tıklayın!